[asturdeibiz]

Hola, puedes leer línea a línea con algo como esto:

//Ruta del archivo a leer
String ruta="C:\\App\conf.txt";
//Buffer, llamas al constructor pasándo un nuevo FileReader que tiene como parámetro un objeto File con la ubicación de tu archivo
BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(new File(ruta)));
//Variable temporal que almacena una linea
String linea;
//Mientras haya datos en el buffer se continua leyendo...
while(br.ready()){
    //Se lee la siguiente linea
    String linea = br.readLine();
    //Haces algo con esa línea
    [...]
}
//Cierras el buffer, bastante IMPORTANTE
br.close();

Prueba y me cuentas...