Hola que tal, ya he solucionado el problema.
Teniendo las notificaciones originales de wasap y Gmail desconectadas siempre. Cuando pongo un acceso directo a la aplicación en la pantalla principal es cuando me fallaba. Se abría la app y durante medio segundo se veía el asterisco de la parte superior izquierda como se ponía rojo. En ese momento se borraban todas las notificaciones que aún no había leído.
Ahora lo tengo en la segunda pantalla y funciona correctamente.
