Dalvik y Bionic están en /system.
Son máquinas virtuales que convierte el lenguaje de la aplicación a lenguaje máquina que puede ser procesado por el procesador (redundancia).
Tener una Dalvik mejor o.más nueva mejora el rendimiento global de Android ya que las app se traducen a código máquina más rápido. Bionic es muy similar aunque apoya al procedado de las Gráficas de las app.
Porotra parte, los Adreno no son Librerías, son Drivers. Como los de un Pc
En concretio son Driver para nuestra Gpu(tarjeta gráfica). No son imcompatibles con dalvik Bionic ya que son cosas totalmente distintas. Y se pueden conbinar.
A tus preguntas, siemore que flasheas una nueva Rom, borras el.System, asique las Librerías se sustituyen con las dd la nueva Rom. de igual manera que al flashear uno nuevo dalvik, se sustituye el anterior.