Alguna parte del sistema estará modificada. Doy por hecho que revertiste el root (en ajustes de SuperSU se puede hacer, por ejemplo). El caso es que si una parte del sistema está modificada, por root u otra app, la OTA no se instala. Aunque, la verdad, no sé como discrimina la OTA las partes del sistema, si tiene en cuenta todo o solo algunas partes.