aunque sea mas rollo puedes editar el updater.script y hacer las modificaciones a traves de el.
borrar build.prop: delete("/system/build.prop");
borrar apps (G+ por ej): delete_recursive("/system/app/PlusOne");
añades un directorio al zip (mis_apps) conservando la estructura (app,priv-app,etc...)
añade la linea al script
package_extract_dir("mis_apps", "/system");
Estas lineas añadelas casi al final, justo antes de la linea: unmount("/system");