Pues tu solo tienes la respuesta al tema, no debes modificar los archivos del sistema (módulos de xposed; no se si en esta categoria entran los bloqueadores de publicidad o modificaciones al build.prop)
Casi cualquier movimiento que hagas con root es para modificar el sistema
Y lo del comando del fastboot (erase userdata) lo que hace si no lo pones es que NO te borra tus apps ni tus datos.
Saludos