Si debido a ser root modificas algún parámetro (del procesador por ejemplo que aumentas la frecuencia) y te lo cargas, no entra en garantía.
Si en cambio tienes root y te dejara de funcionar el micrófono por ejemplo, no afecta (solamente tendrías que desrootearlo porque podrían cobrarte algo por el desrooteo, pero no afecta a la reparación en garantía).
A eso se referirán con "incidencia derivada del root". Si el fallo es por culpa de ser root, no entra. Si es independiente, si entra.