La diferencia es mínima.
Ahí entraría el querer aprovechar al máximo la batería o querer ir haciendo pequeñas cargas (si nos ponemos, es más recomendable hacer pequeñas cargas entre medio).
Yo prefiero hacer cargas completas y que mi batería sufra (aun no he oído quejarse ninguna batería y mira que he tenido y tengo móviles... ;) ). Siendo que el máximo que he tenido un móvil seguido han sido casi 2 años y fue un Nokia 5800 y aun seguía funcionando perfectamente.
Si necesito cargar antes lo hago, si necesito que esté hasta el final, lo hago... lo que no voy a hacer es sacrificar mis hábitos o tener que ir pegado a un cargador por miedo a que se descargue al 0% por ejemplo.
Por eso he dicho que cada cual lo cargue como necesite y crea conveniente. Ni una es mala, ni otra es buena. Todo es bueno, sin exagerar.

P.D. Lo del 0% me refiero a que estas baterías Li-Po, si bajan de 3V pueden estropearse, a eso me refiero con que no hay problemas al descargarlo al 0% porque no corresponde al 0% real de la batería.