No es necesario desactivalo, simplemente entras en los ajustes de google y dentro de seguridad, tienes una serie de códigos que hacen lo mismo que los de la App, eso sí, tendrás que volver a configurar authenticator, ya que es como si fuese un móvil nuevo.
Yo también lo tengo activado, con 4.4 y anteriores, se abre la web para completarlo(desde el móvil claro, lo cual es un poco molesto) a partir de 5.0 ya no es necesario. Yo también lo uso