Bueno, después de haberme pasado 8 horas trasteando mierdas y tocando de todo, lo he solucionado. Lo explico por si a alguien le pasa y quiere probar esta solución.
Resulta que ayer copié las carpetas que quería, antes de meterme a flashear Android 5.0. Entre ellas estaba la carpeta Whatsapp con imágenes, vídeos y conversaciones. Después de flashear Android 5 me instalé Whatsapp de la Play Store, lo abrí y me salía lo típico de hemos encontrado una copia de seguridad, quieres restaurar? Le dije que sí y después de estar un rato decía que hay un fallo. Total, que me quedé a dos velas. Me he pasado todo el puñetero día buscando programas que (no sé cómo se dice en español) "recryptearan" y "decryptearan" los msgstore a ver si me funcionaba, pero nada... Al final, me di cuenta de que antes de flashear Android 5 tenía la última beta de Whatsapp instalada de su web, que era la versión 2.11.453, mientras que la del Play Store era 2.11.432 (creo que los números son esos, pero en cualquier caso la del Play Store era más antigua que la beta). También me fijé que los archivos de copia de seguridad que había eran crypt8 (los creados por la beta de Whatsapp), y los que creaba Whatsapp del Play Store eran crypt7. Después de mover montañas, la única gilipollez que no había hecho era instalar la beta de Whatsapp, que creaba los crypt8. Así, que nada, al final hice eso, y todo perfecto.