Recibirás las actualizaciones pero no se instalarán. Para que se instalen automáticamente deberás volver a instalar el recovery stock que traía el OnePlus One de fábrica. En cuanto a los módulos deberás informarte cuales son compatibles con el OPO. Hay un hilo en este foro donde la gente va agregando los módulos de Xposed que no causan problema:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=896577