EMUI es un launcher, y trae varias app, por ejemplo la nueva de la musica aparte de su función normal tiene como una especia de shazam.
Las actualizaciones de android no tienen nada que ver con emui..aunque no en todas las ROM usaras emui 3.0, por ahora solo en las piratas (portadas de otros modelos).
Si dejas de usar emui y usas nova por ejemplo, tu S.O android se segura actualizando independientemente el interfaz que uses.
Un saludo y espero haberte ayudado!!