Quizá sea que te has instalado algun programa estilo handset sms ( o algo asi se escribia) o cualquier otro programa de gestion de sms, por lo tanto, cuando lo lees con el programa "de serie" no lo marca en el otro, hasta que al reiniciar elimina el aviso, si nos dices que programas tienes instalado será mas facil de adivinar.
un saludo
PD: tambien puede ser un programa de estos de redes sociales de samsung.