Instalate el sgstools o sgstoolbox y desde esos programas puedes dar permisos de escritura en system o instálate la última versión del root explorer

Si alguna aplicación te da un FC desinstala y vuelve a instalar, a mi me paso eso pero con rom manager de las 70 que tengo instaladas

con SOLO FOP te pasará lo mismo, por que hace un wipe suave para aplicar la configuración, prácticamente todas las aplicaciones funciona al abrirlas de nuevo te carga la configuracion, pero ya ves a mi titanium sin problema pero no así el rommanager

Investigando

Edit. hay que hacerlo con la primera opción que has puesto