Veamos, creo que la explicación es sencilla. Los móviles tienen una memoria ROM (Read Only Memory), que solo es escribible mediante flasheo. Dicho esto, las "versiones" de android que podemos instalar en nuestros móviles (note 3 en este caso) están hechas especificamente para un terminal en concreto. Por eso no puedes instalar la del nexus 5.
Además, aunque sí que es cierto que todos los smartphones llevan CPU, GPU, RAM, ROM, etc., dentro de las memorias cada smartphone adecúa el espacio de una manera particionando.