No me dejaba seguir, me decía que pulsara cualquier tecla para salir....
Al final he conseguido arreglarlo. Voy a indicar lo que he hecho por si a alguien le sirve...
He instalado el CWM recovery, sustituyendo el bootloader por defecto, después he hecho todos los wipes y a continuación he vuelto a hacer el flasheo de system.img y userdata.img desde ADB tools. Después de unos 5 minutos ha arrancado. Vamos a ver que tal se porta ahora y a ver si puedo volver a rootearlo.
Gracias por las respuestas ;)
