No, no es tan fácil. Debes copiar el apk a system/app. Reinicia en recovery, abre la consola de comandos en windows escribe:
Código:
adb shell mount system
adb push \caminodesdeC:\hastaapk\Phone.apk /system/app
adb shell umount system
Y reinicia. Es posible que un wipe de dalvik tras hacer esto evite errores.
También, si tienes un explorador de archivos en el móvil con acceso root (Root explorer, SUFBS...) deberías poder copiar el apk a /system/app desde el mismo móvil.
Un saludo!