Es un tema que me interesa, porque el mío anda igual...
Estoy por plantearme la sustitución... Desde hace unos días me cuesta ponerlo a cargar, y si lo pongo con el menor movimiento del cable deja de cargarse...
En lo que preguntas, mientras el móvil esté bien y cuando lo entregues tenga la versión stock (sea cual sea) con todo stock no vas a tener problemas.
Antes de mandarlo mírate también el hilo en roms y desarrollo de las "flags" que había una cosa que se quedaba modificada al meterme una rom al teléfono.