Yo creo que lo mejor es pasar de la copia de seguridad de Google y poner la del MyBackUp. Lo que sí que hay que tener cuidado es con el espacio, ya que cuando restaura las pone todas en el teléfono, independientemente de que antes estuviera en la SD. Así que lo mejor es restaurar unas cuantas aplicaciones, luego mover las que puedas a la SD para hacer espacio, y luego seguir restaurando.
Personalmente me gusta más el MyBackUp que el titanium. También es porque el Titanium no lo he usado demasiado, compré la otra y ya la uso siempre y hasta ahora me ha ido siempre bien.