Crear carpetas ocultas como tal, no se.
Pero si lo que quieres es que no aparezca el contenido de la carpeta en la Galeria, el reproductor de música (util para que no aparezcan los sonidos del GPS por ejmplo), ect. basta con tener un fichero vacio con nombre .nomedia en la carpeta, así la utilidad de "Busqueda de Contenido Multimedia" no indexara esa carpeta.