Yo estoy detectando algo similar con el whatsapp, tanto con wifi como con 3G, y no tengo ni idea de que puede ser.
Con el nexus 4 también sufri algo similar.
Hay veces que los mensajes entran sin problemas y otras que llegan con una hora o más de retraso, es posible que tenga algo que ver con el modo deep sleep y lo restrictivo que es Emui con las apps en 2do plano.
Habrá que investigar cuando saque un poco de tiempo y, en todo caso, confiar que con futuras actualizaciones lo corrijan.
Igual tiene algo que ver con las app chinas que tengo deshabilitadas con Titanium, estaría bien saber para que leches sirve cada una. Tú como las tienes? Has deshabilitado alguna?
Salu2,