Yo creo que lo que te pasa desde que has aplicado la OTA es que no desrooteaste al 100%, seguramente todavía tienes un custom recovery y posiblemente aún tengas privilegios root en esa ROM.
Si al entrar en fastboot ves una barra azul a la derecha cargando, es porque tienes un archivo PB99IMG.zip en la SD, borralo y verás como ya no lo hace más.
El tutorial que pides de rooteo ya no existe, puesto que eso estaba antiguamente en el post actual de rooteo, y este fue actualizado a medida que salieron métodos mejores.
Si todavía tienes un Custom Recovery (Clockworkmod o AmonRA) prueba a flashearte un nandroid-backup de operador, o mejor aún si tienes S-OFF, prueba a flashearte un PB99IMG de desrooteo que cree yo mismo.
