Hola novita.
Tampoco es cuestión de hacerlo uno a uno (te va a ser un coñazo), como idea lo que podrías hacer es mover todas las aplicaciones al teléfono hasta que se te empiece a quejar de que va mal de espacio, entonces haces backup de todas las aplicaciones del teléfono y luego haces otro con las que se te quedan en la SD.
Luego, una vez tengas limpio el teléfono restauras primero el backup con las que se te quedaron el la SD. Entonces las tendrás en el teléfono, las mueves para hacer espacio y vuelves a restaurar el backup con el resto. Así te garantizas que quepa sin problemas la restauración.
Recuerda hacer una limpia de la carpeta .android_secure ya que ahí se te quedaran los trozos de las aplicaciones instaladas en la SD. Si logras mover todas las aplicaciones al teléfono ya debería estar vacía la carpeta.
Saludos!