Mi apuesta es:
¿Tenías una MIUI v5, no? La 4.8.22, no me digas más. XD
La respuesta es que no se te ha "desconfigurado" todo, sino que te han cambiado la versión del "sistema operativo", y hay una cantidad importante de cambios, demasiados como para explicarlos todos en un solo post.
Lo mejor es que indagues y busques todas las soluciones a tus problemas por tu cuenta (toqueteando el móvil o por el foro), y si algo de verdad se te atasca, pregunta y te lo intentamos solucionar. Porque tener que explicar todos los posibles cambios que tiene esta nueva versión serían muchos...
P.D. En el foro principal del Mi3 hay un post con "trucos" de la nueva v6, de ahí seguro que puedes sacar ideas y soluciones a bastantes de tus problemas.