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Titanium backup (es necesario ser root) te hará una copia de seguridad de las app y sus datos asociados.
Para respaldar whatsapp es cosa de conectar el móvil a almacenamiento masivo y copiar toda la carpeta, cuando la vuelvas a copiar al móvil e instales whatsapp te reconocerá como una copia de seguridad y tendrás la opción de restaurarla. Tendrás todas tus conversaciones y demás datos igual que antes.
Tus contactos, calendario y otros datos relacionados a las cuentas (ej. google) debes sincronizarlas para que se actualicen. Luego de la restauración tendrás que a iniciar sesión con tus cuentas para que vuelvas a tener los datos.
Si no realizas un formateo a la memoria externa no tendrás que respaldar nada, ya que la restauración de fábrica no borra esos datos. Si debes respaldar tus fotos, música, etc. de la memoria interna, copiando al pc u otra memoria externa las cosas que tengas, ya que estas si se borran cuando realizas wipes desde el recovery.
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