La memoria resetea al abrir el bootloader, yo hice root perfectamente sin perder datos.
Una vez que le abres solo necesitas cerrarle si lo vas a enviar a la garantía para dejarlo de fabrica.
Si modifcas el recovery y haces root la OTA te llegara pero te dará error al instalarla lo tienes que hacer manualmente, pero vamos no hay problema porq puedes usar el nexus root toolkit que puedes hacer todo con un click, instalar la rom original rotearla, volverlo a dejar de fabrica, abrir cerrar el bootloader
Root para android 4.4 muy recomendable por xposed, apara 5.0 ahora mismo poco solo para restuarar tus aplicaciones ya q ni xposed funciona ni hay roms personalizadas