Contactos y Agenda, con sincronizarlos con tu cuenta de GMail es suficiente.
Para archivos multimedia (fotos, videos...) con pasarlos a un elemento externo y después volcarlos al Nexus 5, ya estaría hecho.
Para aplicaciones, como bien te ha comentado el compañero penelefante, Helium o Titanium.
NO RESTAURES aplicaciones de sistema!!