Imagino que tienes el twrp de recovery. Entonces con hacer el wipe te sale directamente la opcion de wipe factory reset arriba por defecto. Lo haces y luego instalas la rom. E incluso aunque no es necesario, al acabar la instalación te ofrece hacer wipe cache y dalvik, yo lo suelo hacer aunque ya esta hecho con el primero.
El archivo de la rom lo puedes quitar del movil despues de haber cambiado la rom. Pero te recomiendo que lo mantengas un par de dias por si la rom no se te ha instalado bien (que a veces pasa) y la tienes que volver a reinstalar : asi no tienes que volver a pasarla del pc al movil otra vez.
