Voy a tratar de resolverte todas las dudas..
Primero y principal... Si restauras de fabrica, automáticamente se hace desroot, ya que se borra la aplicación SuperSU. Dicho esto, creó que también queda en claro que xposed, junto a todos loa módulos se borran.
Riesgos de bootloop, ni 1%.
Referido a la.OTA, para poder actualizar se necesitan TODAS las aplicaciones stock (que vienen con el celular) instaladas (En caso de no tenerlas, flashear una ROM stock), a demás de esto, se necesita tener el Recovery Stock, esto se puede restaurar a través de MotoTool (Buscalo, usarlo es tan simple como seleccionar recovery stock y apretar aceptar)
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