Lo primero es entender bien los distintos tipos de layout. Si usas el RelativeLayout, por ejemplo, no consiste en poner elementos en un sitio determinado sino siguiendo unas reglas de posicionamiento respecto de los demás elementos. O si usas un LinearLayout, horizontal o vertical, si pones algo en un sitio lo que hubiera ahí se mueve a la derecha o abajo.
Como al final lo mejor es intentar hacer un layout que valga para todas las pantallas posibles, prefiero editar el XML a mano. A veces el editor de eclipse interpreta mal lo que uno quiere hacer al mover elementos.
