Dos cosas de las que no soy partidario : los backups completos de un firmware / ROM, para mi en los casos que los he hecho me han dado problemas a la corta o a la larga, por lo que tuve que formatear todo e instalar todo de cero, lo otro es que no me gustan tampoco las actualizaciones por OTA si no se hacen luego de estas los wipes.-
Yo haría ahora wipes data/Factory reset y cache , desde el recovery y luego instalaba otra vez el firmware descargado desde SamMobile.com y luego de instalado otra vez wipes desde recovery, luego instala todo lo que quieras y compruebas a ver si así funciona todo bien.-