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Prácticamente todo lo que puede hacerse en XML se puede hacer con objetos Java (tienes las clases LinearLayout, Button y todas las que te hagan falta).
Si te construyes el layout entero en código, entonces al setContentView le pasas el View que hayas creado en vez de la referencia al XML.
Si lo que quieres es meter cosas nuevas en algún sitio del layout, puedes dejar un linearlayout vacío en algún sitio de tu XML y con código obtener la referencia con el findViewById de siempre. Teniendo la referencia al objeto ya puedes añadirle la jerarquía de Views que quieras por código.
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