Normalmente el servicio de SAT no hace la comprobación de software si el problema por el que acudes es de hardware puramente, como el deterioro del USB, errores de fabricación en la carcasa... Pero sí se realiza para otros fallos de hardware que pueden provocarse mediante software (Deterioro del altavoz por cambiar los valores de fábrica, errores en el LED, errores en el procesado de la cámara...
No suelen ser muy estrictos (Experiencia propia). Envié un Motorola RAZR por el bug de la batería (Si llegaba a 0 y no se cargaba en un tiempo, simplemente moría y eso que probé de todo). Lo envié al SAT y me lo repararon de alguna manera devolviendome el mismo y eso que lo tenía con bootloader desbloqueado, root y con una custom ROM. Supongo que sería un error bastante común ya que le pasó a bastante gente, pero para cosas de puro haardware no se preocupan de lo que hayas tocado de software.
PD: Genial post, a ver si sacamos algo en claro y, al menos, logramos que Motorola cambie su teóricamente ilegal política.
Saludos.