Como siempre, hablando desde el desconocimiento pero con la experiencia.
Con la versión 2 del script, puse todos los recoverys habidos y por haber y todos se instalaron y arrancaron sin ningún problema (CWM, el TWRP 2.7 y TWRP 2.8), yo todavía no le he encontrado ningún problema al TWRP 2.8.0.1.
Por motivos que no vienen al caso he flasheado el teléfono por completo por fastboot (ves una experiencia nueva que debo de agradecer a IKOMOLON). He instalado el TWRP 2.8.0.1 y he reiniciado en modo recovery sin problemas (script v3)
Por cierto, un apunte de esos que se que te motivan

:
Si bién es cierto que solo el CWM te ofrece la opción de borrar el archivo que hace que vuelva a reinstalarse el recovery original, instalar el UPDATE-SuperSU-v*.*.zip tiene el mismo efecto (ya que reemplaza el /etc/install-recovery.sh para funcionar), por lo que si tienes la precaución de tener el UPDATE-SuperSU-v*.* en la memoria interna (o en el USB OTG en el TWRP 2.8.0.1), puedes instalar el Recovery que quieras sin problemas, siempre que antes de reiniciar el sistema instales el zip del SuperSu.
Saludos.