He conseguido "solucionarlo", por si a alguien le sirve: he quitado todos los tonos de llamada de /system/media/ringtones y los he movido a la SD para liberar espacio.
He puesto el framework-res.apk entonces sin problemas. He reiniciado, y he vuelto a poner en su sitio los tonos de llamada.
Ya tengo icono de llamada
