Es mejor con Romtoolbox Pro, la lite me parece que no permitía gran cosa, y merece la pena comprarla, ya que te permite respaldar las aplicaciones entre otras muchas opciones, caso de error siempre puedes volver atrás reinstalando el respaldo.
Como explorador de archivos, aunque romtoolbox lleve integrado root explorer, prefiero Xplore, aunque hay que acostumbrarse a él, sobre todo si estás acostumbrado al root explorer.
El explorador de archivos lo necesitarás de todas maneras ya que te pueden quedar las aplicaciones en la ROM ocupando espacio inútil (.apk, en data, data/data, dalvik, etc... por lo que tendrás que instalar también un limpiador como por ejemplo SDMaid para limpiar restos, a no ser que quieras hacerlo de forma manual, pero de forma manual te vas a reír pasando por todo el sistema de archivos del teléfono, y hay que hacerlo o en muchas ocasiones en las que quieras reinstalar una aplicación que habías eliminado no te lo permitirá por mantener restos de la aplicación).
Yo por lo menos siempre lo hago con Romtoolbox, Xplore y SDMaid.
Con el conjunto de aplicaciones de Romtoolbox y SDMaid te debería bastar. Y respalda siempre primero ya que la eliminación de una aplicación puede afectar a otras y las de Sistema no son nada fáciles de reinstalar por las buenas, ni encontrando las .apk, en algunas ocasiones podrás recurrir a las gapps en otras no.
Si no sabes lo que estás eliminando crea los respaldos (App+Data), y por si acaso Backup's desde la Recovery, te librará de muchas y te librará en un momento dado de volver a cargar la original o una ROM nueva, y comenzar desde el principio.
Link2SD me parece recordar que no te sirve para respaldar. Y los exploradores de archivos tampoco, por lo que corres el riesgo de que si no sabes lo que estás desinstalando o los problemas que puede causar su desinstalación te veas obligado a reinstalar un Backup previo o a cargar la original y volver a comenzar.
Y la mejor forma y de una tacada: instalando una ROM que no lleve las aplicaciones que no utilices o no quieras, o que sean pocas y las desinstales manualmente.