Tenerlo todo en la misma tarjeta es complicado, sobre todo si tienes mucho de los dos sistemas.
Es recomendable hacer copias de seguridad tanto de WM como Android para poder restaurar cada cosa por separado en caso de tener que cambiar de Build android y querer formatear la SD
Puedes usar SPB Backup en WM y Titanium Backup Pro en Android por ejemplo.
Otra cosa es controlar los archivos que se van instalando en ambos sistemas cada vez que metes algo nuevo, pero la verdad es que tener mucho de ambos sistemas en la misma tarjeta es un coñazo.