Te intento contestar y aclarar tus dudas.
El stylus en las aplicaciones de Office tiene dos "modos":
1.- El "normal" o por defecto en el que funciona como un puntero de ratón, para marcar, seleccionar texto, opciones de menú, ...
2.- El modo "escritura" que se activa desde la pestaña dedicada a ello. En este modo puedes escribir sobre un Word, un Excel, una presentación PowerPoint pero lo que escribes es "tinta electrónica", es decir como "dibujos" sobre el texto del documento (no sé si me explico bien)
En ningún caso puedes escribir "a mano" sobre una celda, o empezar a escribir en el Word con tu letra manuscrita y que te lo interprete.
Hay una forma que es sacando el teclado en pantalla y cambiando al panel de entrada manuscrita. En ese modo escribes en el panel y el texto, o lo que escribas, te lo interpreta y te lo va insertando en el documento de Word, o en la celda Excel que tengas seleccionada. Pero entiendo que esto no es lo que quieres.
Puede, eso si, subrayar y anotar sobre un documento Word. Y también sobre PDFs (al menos desde el visor de PDFs por defecto de Windows 8, desde el Acrobat Reader no te sabría decir ahora mismo).
La única aplicación en la que puedes escribir lo que quieras con el stylus "libremente" es OneNote. Incluso, aunque te guarda el texto manuscrito en formato de tinta electrónica, en esta aplicación te "convierte" el texto manuscrito a texto "normal" que luego puedes copiar y pegar en Word, o en cualquier otra aplicación.
Yo el 90% del tiempo uso OneNote para tomar notas, apuntes, incluso si tengo que anotar sobre un documento me lo "importo" en OneNote y anoto desde esa aplicación que es mucho más cómoda para ello que anotar desde el propio Word o el PDF.