Claro que puedes funcionar sin gapps pero hay aplicaciones como búsqueda de google o gmail que son bastante necesarias,yo te recomiendo que descargues los gapps de google 4.4.4,abras el archivo zip con winrar en la carpeta system de dentro de el archivo,borras la apk que no quieras y dejas las que quieres, otra forma es descargarte cada aplicación que quieres y crear tu propio flasheable,pero ya es más completo otra forma es instalas los gapps y con link2sd tiene una opción que es desinstalar apk aunque sea de usuario.
en cuanto a personalización ponte cm11 descargas tema s5 y lo aplicas si te refieres a crear carpetas en el escritorio,sí si que puedes
