... yo uso el ultimo recovery de Amon-Ra, que hace todos los wipes del tirón.
pero como bien has dicho tu es asi, la copias en la raiz de la SD (... aunque en el ultimo recovery la puedes pegar en donde quieras, ya que te deja escoger carpetas y todo).
Haces todos los Wipes, es remomendable que la bateria este llena, yo tengo dos baterias y una siempre esta cargada y cuando la pondo haga wipe batery.
una vez hechos los wipes, la flasheas desde Install from SDcar
Espero haberte sido de ayuda!!