Lo mejor sería desarmarlo lo más posible y meter las piezas en un frasco con arroz (para absorber humedad). Dejarlo un día entero ahí.
Después limpiarlo bien (en seco), incluso con alcohol isopropílico antes de armarlo.
Finalmente es rezar. No queda de otra, el daño que pudiera o no recibir es aleatorio. Depende de dónde haya penetrado el agua, qué tan salina haya sido el agua, la intensidad de la corriente fluyendo hacia los componentes, etc.
Que prenda bien a las pocas horas del accidente no garantiza que esté bien ni que esté seco. Un poco de agua oxidando las piezas puede matarlo en las siguientes semanas.
Edit: te cuento mi experiencia. No se sumergió en agua, pero le voltearon 1lt de cerveza. Apliqué la del arroz y lo dejé por día y medio. Prendió bien, y sin daño alguno. Eso sí, lo retiré de la cerveza y fuera batería casi de inmediato.