restaurar de fábrica = borrar las carpetas data, cache y dalvik cache (memoria interna y caches), y probablemente borre también las apps que tengas movidas a la sd. quedan las apps de sistema. vuelve a la configuración de fábrica? pues depende. si has borrado apps de sistema, no van a volver, el móvil no tiene ningún backup por lo que no tiene de donde sacarlas
mi consejo: directamente rootearía, metería el recovery, haría un backup desde recovery y otro con titanium backup (este es para las apps y así luego las restauras directamente)... y a probar. la rom de orange no se si estará por el foro, pero con cualquiera de sony te vale para luego poder restaurar (ojo, si restauras ese backup, pon la misma versión de rom que la del backup). por cubrirte las espaldas, visto que tanta duda tienes, haz un backup también de la sd.
yo te digo que desde windows y sin sacar la sd del tlf (ponerla en modo msc) se puede hacer la partición más pequeña sin perder dato alguno (lo he hecho muchas veces) y crear particiones nuevas en el espacio sin particionar. no es necesario ir a linux para eso, hay programas que lo hacen en windows. busca alguno, pero si desconfías... pues eso, haz una copia en el ordenador y arreglado.
el resto, se aprende haciendo y en vez de preguntar sin haber probado las cosas.