Antes de nada comentar que en mi opinión este tipo de programas lo único que hacen es malgastar batería y recursos del sistema. Android ya tiene su propia gestión de programas en segundo plano y lo hace con bastante corrección, sobre todo a partir de Eclair.
Si aún así crees que lo necesitas, te comento:
Si lo pones que se ejecute cada media hora, el gasto aumenta. Lo más recomendable sería ponerlo que se ejecute sólo cuando se apaga la pantalla y el móvil entra en "sleep mode". De este modo, salvo que andes encendiendo y apagando cada 2 por 3, ejecutará el auto-kill muy pocas veces, bastantes menos que cada media hora.
El autokill level es para especificar el modo de "agresividad" del programa. Con el safe te evitas que cierre ninguna aplicación de sistema (en teoría...), el agressive va un poco más allá (permitiéndole cerrar aplicaciones que aún siendo de sistema no sean "vitales" para el correcto funcionamiento del teléfono) y el crazy le permite cerrar cualquier programa en ejecución (no recomendable si no quieres verte metiendo el pin cada dos por tres o cosas peores).
Aún poniendo el modo safe o el agressive, chequea bien la lista de aplicaciones incluídas para cerrar e incluye solo aquéllas que sepas con seguridad que puedes cerrar sin problemas.
Saludos.
EDITO: Me olvidaba, si chequeas iniciar con el sistema, el programa se ejecutará él solo cuando reinicies el móvil. Si no, tendrás que ejecutarlo tú a mano para que empiece a funcionar de nuevo tras el reinicio.