Buenas. Tienes el tutorial de @fixit para volver a stock:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=821629
Yo creo que mejor continúas ahí en lugar de abrir un tema nuevo.
Respecto a lo que preguntas:
yo hice el método A (restaurando en Nandroid Backup). Para todo utilicé la memoria interna del teléfono y el CWM de Philz. Tiene una opción para cargar desde la sd externa, pero no sé si merece la pena liarse. Lo que tienes es que
cambiar la CID a supercid (puedes poner el CID español HTC__304, pero entonces no te llegaría todavía la última OTA porque no la han lanzado todavía).
Sigue los pasos que indica el tutorial, tal cual están puestos.
El root se elimina en un paso del tutorial. Después de cargar la ota puedes volver a rootear, si tienes tanto interés.
Después del proceso no es necesario cerrar el bootloader y seguiría s-off.
De esa manera descargarás la OTA sin problemas.
Lo dicho, para cualquier duda adicional, mejor preguntas en el hilo del tutorial.
Un saludo,
Alberto.