Bueno, pues al final haciendo el Factory Reset solamente he conseguido solucionar el Bug de "Servicios de Google Play se han detenido"
Paso a contar lo que he hecho y los resultados para que quien se encuentre en un problema similar pueda consultarlo aquí.
Como he dicho, hace unos días me salió este bug, y empezaba a ser molesto. Paraba el móvil y salia una alerta. Mi teléfono actualmente esta liberado y tengo root hecho. versión 4.1.2 JB de stock. Ante todo tengo en la nube todo aquello imprescinble por si falla algo, los contactos sincronizados en google, fotos mediante Dropbox, de todas aquellas apps que tiene opción de backup he forzado un último backup (por ejemplo whatssapp, aunque la hace cada día, no estaba de más)
Así que he hecho Factory Reset, sin formatear almacenamiento USB, con lo que solo iba a desaparecer configuraciones y apps instaladas
Para esto he ido a Ajustes>Copia de Seguridad y Restablecimiento> Restablecer Datos de Fábrica
El móvil se ha reiniciado, empezando el proceso de restablecimiento y cuando ha acabado ha empezado a pedirme cuentas y configuraciones como al abrirlo por primera vez.
Al estar liberado me ha preguntado por la operadora de servicios. He seleccionado la mía y listos, ningún problema
También he comprobado como Supersu aún estaba ahí (como el dinosario...), con lo que el root se ha mantenido
Así que para aquellos que dudan tanto liberación como root se han mantenido. Ahora lo que toca es ir instalando aquellas apps que quiero instalar
Todo ha ido muy bien, gracias por los consejos a TheCrack96 y Raziel-77