1º de TODO, esta ROM es un desarrollo basado en un BOOT Jelly Beam (no activa Knox) y cuenta con un instalador "Aroma" que -te permite seleccionar en el momento de la instalación-
que aplicaciones "instalar y cuales no- no parece lógico, instalar aplicaciones para luego "quitarlas" ¿por que sencillamente, no instalarlas desde origen? sobre todo contando con esa posibilidad... en cualquier caso, la "gracia" de esta ROM precisamente estriba en ese BOOT.IMG y esa herramienta que permite control total y absoluto sobre la maquina
Synapse o Nandroid van implícitas en el kernell (boot.img), si tú idea, es desisntalarlas
¿para que usar este desarrollo? ¡no tiene mucho sentido! pues además, ni una ni otra "consumen ni memoria ni recursos, sino se aprovechan", dicho de otro modo "sino se sabe o no se quiere usar" con dejarlas olvidadas, no hay consumo de recursos (como se puede observar en la maquina)
Dicho de otro modo

Cita:
Me gustaría quitar algunas opciones que vienen al final de Ajustes, como Synapse o Nandroid, pero no hay forma.

estas tratando desde una GUI grafica (android) suprimir partes del mismo kernell ¡sencillamente, no se puede! de hecho si lo haces, tendrás un bonito "kernell panic" o te cepillaras el boot de la ROM....
Antes de instalar cualquier desarrollo de rom, "hay que leer" que lleva y si nos interesa o no... para evitar estos ´imposibles´
Es muy frecuente en foros, confundir, cambios estéticos y de aplicaciones gráficas con mejoras de ROM, de hecho, la moda "guindera" de bajar SO tuneados junto al placebo de ser más rápidos matando ciertos servicios (muchas veces esenciales) conlleva costes que rara vez estima el usuario.... en el caso de Android, se trate de una Stock Rom o un desarrollo basado en la misma, hay que tener mucho cuidado, una vez se tiene acceso a la raíz (/) o permisos de administrador, con lo "que de desisnstala", de hecho, en el 95% de las ocasiones, resulta mas eficaz (recomendable) y seguro, "congelar que desisntalar" y si me apuras, congelar y "matar servicios de arranque" indeseados en el momento del booteo con distintas aplicaciones...