Hola dalanz, cuando instales la rom se te borraran las aplis q tenias ( creo q se te borraran cuando hagas los 3 wipes para la instalacion ) luego podras restaurarlo con la copia de mybackup pro ( la copia se guarda en la SD en una carpeta que es llama RERWARE).Yo tngo la version 2.3.6, y si me deja instalarlas todas de golpe, entre 'OK' y 'Cancelar', esta la opcion 'Revisar Todo' que te marca todas las aplis.
Pero el Mybackup pro no te hace una copia de los iconos que tienes en el escritorio, solo te instala los programas o los datos, luego tendras que tunearte los escritorios otra vez ;)