Al instalarte la oficial no te elimina root y recovery? (aunque luego los vuelvas a poner)
Porque no sé exactamente que deseas, pero quizá és más fácil provar esta rom
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=121853
que es la oficial parcheada para conservar root, y app2sd -y tambien recovery en el caso de que te lo borre-.. la flasheas como una rom normal y listo!
Nota: si no quieres app2sd solo has de eliminar la particion .ext de la sd en el caso que la tengas.