Crea un fichero que se llame ".nomedia" con el punto incluido, dentro de la carpeta donde estan los iconos.
Reinicia (creo que sin reiniciar y esperando unos minutos tambien funciona) y ya no te aparecen.
Nota: Si lo haces desde el explorador de windows quizas tengas problemas. Intenta hacerlo desde el propio terminal o desde una sesion dos de windows (cmd)