Sobre el papel en rendimiento estan parejos, incluso aunque el nexus 4 tenga peor procesador por la asquerosa capa de Samsung.. el S4 mejor cámara.. Nexus mayor soporte.. Bateria creo que andan ahi ahi, el S4 tiene 4G y el nexus no.. Si quieres desarrollar aplicaciones te recomendaria un Nexus por el soporte de google y el precio.
También puedes esperar a noviembre que seguramente el Nexus 5 baje de precio igual que hizo el Nexus 4 en su día.
Saludos!
